สงครามไทย-พม่า ครั้งที่ 11
ไทยตีเมืองทวายและตะนาวศรี

เมืองทวาย และเมืองตะนาวศรี เป็นเมืองขึ้นของไทยแต่ครั้งกรุงสุโขทัยเป็นราชธานี มาตกเป็นของพม่า เมื่อครั้งพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองตีได้กรุงศรีอยุธยา ด้วยเหตุนี้ สมเด็จพระนเรศวรจึงทรงให้ไปตีก่อนเมืองอื่น เมืองทวายอยู่ต่อแดนมอญ ข้างเหนือเมืองตะนาวศรี พลเมืองเป็นทวายชาติหนึ่งต่างหาก ขึ้นกรุงศรีอยุธยาเหมือนอย่างประเทศราช เมืองตะนาวศรีอยู่ใต้เมืองทวายมาต่อกับเมืองชุมพร พลเมืองมีทั้งพวกเม็งและไทยปนกัน เมืองมะริดอันเป็นเมืองขึ้น ตั้งอยู่ที่ปากน้ำเมืองตะนาวศรี มีเรือกำปั่นแขกฝรั่งมาค้าขายที่เมืองนี้ และมีทางขนสินค้ามากรุงศรีอยุธยาได้สะดวก เมืองมะริดจึงกลายเป็นเมืองท่าของไทยทางอ่าวบังกล่า ซึ่งเรียกว่าทะเลตะวันตก ทางกรุงศรีอยุธยาจึงตั้งข้าราชการในกรุง ออกไปเป็นเจ้าเมืองตะนาวศรีอย่างหัวเมืองทั้งปวงมาแต่โบราณ เมื่อพม่าชิงเอาเมืองทวายกับตะนาวศรีไป ก็เอาแบบอย่างไทยไปปกครอง
เมื่อพม่าเจ้าเมืองตะนาวศรี ทราบข่าวว่ากองทัพไทยจะยกไปตีเมือง ก็รีบบอกไปยังกรุงหงสาวดี ขอกองทัพมาช่วย ครั้งนั้น พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรง ทรงทรงพิโรธแม่ทัพนายกองที่มาทัพกับพระมหาอุปราชา จึงทรงให้เขาเหล่านั้น คุมกองทัพมาช่วยรักษาเมืองทวาย และเมืองตะนาวศรี ให้มารบกับไทยแก้ตัวใหม่ ขณะที่กำลังเตรียมทัพอยู่ เจ้าพระยาจักรีก็ยกทัพไปถึงเมืองตะนาวศรีเสียก่อน แล้วล้อมเมืองไว้ ทางตะนาวศรีสู้อยู่ได้ 15 วันก็เสียเมืองแก่ไทย ส่วนกองทัพพระยาพระคลังที่ยกไปตีเมืองทวาย ได้รบพุ่งกับข้าศึกตรงด่านเชิงเขาบรรทัดครั้งหนึ่ง ฝ่ายไทยตีข้าศึกแตกพ่ายไป จากนั้น กองทัพพระยาพระคลังก็ยกไปล้อมเมืองทวาย ล้อมอยู่ได้ 20 วัน ทางเมืองทวายก็ออกมาอ่อนน้อม ยอมเป็นข้าขอบขัณฑสีมา ของกรุงศรีอยุธยาดังแต่ก่อน
ฝ่ายพระยาจักรี เมื่อได้เมืองตะนาวศรีและเมืองมะริดแล้ว วิตกว่าเมืองทวายซึ่งอยู่ต้นทาง เกรงทางข้าศึกยกทัพมาตีกระหนาบกองทัพพระยาพระคลัง จึงให้จับเรือกำปั่นที่มาค้าขายอยู่ที่เมืองมะริด ได้เรือสลุปของฝรั่ง ลำหนึ่ง ของแขก 2 ลำ และเรือพื้นเมืองอีก 150 ลำ จัดเป็นกองเรือรบ ให้พระยาเทพอรชุนเป็นนายทัพเรือ คุมกำลังพล 10,000 คน ยกไปเมืองทวายทางทะเล ให้พระยาศรีไสยณรงค์ คุมกำลังพล 10,000 คน อยู่รักษาเมืองตะนาวศรี แล้วเจ้าพระยาจักรียกกำลังพล 30,000 คน ยกขึ้นไปเมืองทวายทางบก กองกำลังทางเรือของพระยาเทพอรชุน ยกไปทางทะเล ถึงตำบลบ้านบ่อในแดนเมืองทวาย ก็ปะทะกับกำลังทางเรือของสมิงอุบากอง สมิงพระตะบะ ซึ่งพระเจ้าหงสาวดีให้ลงมาช่วยรักษาเมืองตะนาวศรี มีกำลังทางเรือประมาณ 2,000 ลำ กำลังพลประมาณ 10,000 คน ก็เข้ารบพุ่งกันทางทะเล ตั้งแต่เช้าถึงเที่ยง ยังไม่แพ้ชนะกัน ถึงเวลาบ่ายลมตั้งคลื่นใหญ่ จึงต้องทอดสมอเรือ รอกันอยู่ทั้งสองฝ่าย
ฝ่ายพระยาพระคลัง เมื่อได้ตีเมืองทวายแล้ว ก็เป็นห่วงทางเจ้าพระยาจักรี เนื่องจากไม่ได้ข่าวว่าตีเมืองตะนาวศรีได้แล้วหรือไม่ จึงให้จัดกำลังทางเรือ มีจำนวนเรือ 100 ลำ กับกำลังพล 5,000 คนให้พระยาพิชัยสงคราม พระยารามคำแหง คุมกำลังไปช่วยเจ้าพระยาจักรีที่เมืองตะนาวศรี พอกองทัพยกออกจากเมืองทวาย ก็ได้ยินเสียงปืนดังขึ้นทางทิศใต้ จึงให้ขุนโจมจตุรงค์ คุมเรือลาดตะเวณลงไปสืบ ได้ความว่า กองกำลังทางเรือของไทยยกขึ้นมาจากทางตะนาวศรี กำลังต่อสู้อยู่กับกองกำลังทางเรือของพม่า ฝ่ายไทยจึงยกกองทัพเข้าตีกระหนาบพม่าลงไปจากทางเหนือ กองทัพไทยยิงถูก สมิงอุบากองนายทัพพม่าตายในที่รบ และยิงเรือสมิงพระตะบะ และเรือข้าศึกจมอีกหลายลำ กองกำลังทางเรือของพม่าก็แตก กองทัพไทยจับเป็นได้ประมาณ 500 คน ได้เรือและเครื่องศัตราวุธเป็นจำนวนมาก
ฝ่ายไทยได้ทราบความจากพวกเชลยว่า ยังมีกองทัพข้าศึกยกมาทางบก จากเมืองเมาะตะมะจะลงมาช่วยเมืองทวาย
เจ้าพระยาจักรีกับพระยาพระคลัง จึงจัดกำลังทางบกขึ้นไปทางแม่น้ำทวายเป็นสองทาง โดยที่กองทัพเจ้าพระยาจักรี ยกขึ้นไปทางฝั่งตะวันออก กองทัพพระยาพระคลังยกไปทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำ ไปดักซุ่มอยู่สองฟากทางที่กองทัพข้าศึกจะยกลงมา กองทัพข้าศึกมีเจ้าเมืองมล่วนเป็นนายทัพ ยกลงมาทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำทางหนึ่ง ตรงมาทางเมืองกลิอ่อง หมายที่จะเข้าเมืองทวายทางตำบลเสือข้าม โดยที่ไม่รู้ว่า เมืองทวายและเมืองตะนาวศรีเสียแก่ไทยแล้ว ส่วนเจ้าเมืองกลิตองปุ ก็คุมกองทัพ มาทางชายทะเลด้านตะวันตก มาถึงป่าเหนือบ้านหวุ่นโพะ ฝ่ายไทยเห็นฝ่ายพม่า ยกกำลังถลำเข้ามาในบริเวณที่ซุ่มอยู่ ก็ออกระดมโจมตีทั้งสองกองทัพ ฝ่ายข้าศึกไม่ทันรู้ตัวก็แตกพ่าย เสียช้างม้าผู้คนและเครื่องศัตราวุธให้แก่ฝ่ายไทยเป็นอันมาก ฝ่ายไทยจับได้นายทัพนายกอง 11 คน ไพร่พล 400 คนเศษ เมื่อความทราบถึงสมเด็จพระนเรศวร พระองค์ก็โปรดให้พระยาศรีไสยณรงค์ อยู่รักษาเมืองตะนาวศรีต่อไป ส่วนเมืองทวาย ก็ให้เจ้าเมืองกรมการ เข้ามาเฝ้าถือน้ำพิพัฒน์สัจจา แล้วโปรดให้กลับไปรักษาเมืองตามเดิม แล้วมีตราให้กองทัพกลับพระนคร เมื่อปี มะเส็ง พ.ศ. 2136

การปราบปรามเขมร และฟื้นฟูหัวเมืองเหนือ

สมเด็จพระนเรศวรทรงแค้นเคืองเขมร ที่ลอบเข้ามาทำร้ายไทย ทุกครั้งที่ไทยเกิดมีภัยพิบัติและอ่อนกำลังลง ดังนั้น พอเสร็จศึกสำคัญหมดแล้ว พระองค์จึงเสด็จยกทัพไปตีกัมพูชา ในปีมะเส็ง พ.ศ. 2136 โดยจัดกำลังเป็นทัพเรือสองกองทัพ ให้พระยาเพชรบุรีเป็นแม่ทัพเรือ ยกไปตีทางเมืองป่าสักทัพหนึ่ง ให้พระยาราชวังสัน เป็นแม่ทัพเรือ ยกไปตีเมืองบันทายมาศอีกทัพหนึ่ง ส่วนกองทัพบก ให้พระยานครราชสีมา คุมพลหัวเมืองตะวันออก ไปตีเมืองเสียมราฐ และฝั่งตะวันออกของทะเลสาบเขมรอีกทัพหนึ่ง ส่วนกองทัพหลวง ให้พระราชมนูคุมกองทัพหน้า สมเด็จพระนเรศวรและสมเด็จพระเอกาทศรถ เสด็จยกทัพหลวงไปตีเมืองพระตะบอง ทางด้านฝั่งตะวันตกของทะเลสาบ นัดหมายให้ไปถึงเมืองละแวก อันเป็นนครหลวงของกัมพูชา พร้อมกันทุกกองทัพ ในการนี้ ให้เกณท์ผู้คนในเมืองนครนายก เมืองปราจีณบุรีอันอยู่บนเส้นทางเดินทัพไปเขมร เข้าร่วมกองทัพด้วย เมื่อไปถึงเมืองพระตะบองก็ตีเมืองได้ และจับตัวเจ้าเมือง คือพระยามโนไมตรีจิตได้ จากนั้นก็เข้าตีเมืองละแวกได้ เมื่อต้น ปีมะเมีย พ.ศ. 2137 จับนักพระสัตถาเจ้ากรุงกัมพูชาได้ แล้วให้ประหารชีวิตนักพระสัตถาเสียในพิธีปฐมกรรม แล้วกวาดต้อนครอบครัวเขมร มาเป็นเชลยเป็นอันมาก พระองค์ได้ให้พระมหามนตรีปกครองเขมรชั่วคราว แล้วให้นำราชอนุชานักพระสัตถา พระนามว่าพระเจ้าศรีสุพรรณมาธิราชมายังกรุงศรีอยุธยา ต่อมาจึงโปรด ฯ ให้กลับไปครองกรุงกัมพูชา เขมรจึงกลับเป็นเมืองขึ้นของไทยนับแต่นั้นมา
เหตุการณ์ในตอนนี้ วัน วลิต ได้บรรยายไว้ว่า สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกทัพไปตีบ้านเมืองต่าง ๆ ได้เป็นอันมาก และมีชัยต่อเจ้ากรุงกัมพูชา พระองค์จับพระเจ้ากรุงกัมพูชา และพระราชโอรสธิราชทั้งหมดเป็นเชลย แต่ทรงอนุญาตให้พระราชโอรสองค์ใหญ่ของเจ้ากรุงกัมพูชา อยู่ครอบครองกัมพูชาต่อไป โดยให้ถวายสัตย์ปฏิญาณว่าจะไม่คิดคดทรยศ จะเป็นข้ากรุงศรีอยุธยาสืบไป เมื่อได้จัดการกับกรุงกัมพูชาเสร็จแล้ว สมเด็จพระนเรศวรจึงยกทัพกับพระนคร และให้เอาตัวเจ้ากัมพูชา กับราชโอรสอีกสามองค์มาเป็นเชลยด้วย เมื่ออยู่ต่อมาได้ระยะหนึ่งไม่นาน ก็โปรดให้ส่งเจ้ากรุงกัมพูชากลับไปเสวยราชย์ ณ กรุงกัมพูชาตามเดิม โดยให้ถวายสัตย์ปฏิญาณว่า ให้พระราชโอรสอยู่เป็นตัวจำนำที่กรุงศรีอยุธยา และให้กรุงกัมพูชาถวายต้นไม้เงินต้นไม้ทองต่อกรุงศรีอยุธยาปีละครั้ง
เมื่อสมเด็จพระนเรศวรเสด็จกลับถึงพระนครแล้ว ได้มีพระราชดำรัสสั่งให้ตั้งหัวเมืองเหนือ ที่ได้ทิ้งให้ร้างตั้งแต่เริ่มทำสงครามกู้อิสรภาพอยู้ 8 ปีนั้น ให้กลับมีเจ้าเมืองกรมการปกครองดังแต่ก่อน ทรงตั้งให้ข้าราชการที่มีบำเหน็จความชอบ ให้ไปเป็นผู้ปกครองคือ พระยาชัยบูรณ์ (ไชยบุรี) ข้าหลวงเดิม ที่ได้ทรงใช้สอยทำศึกมาแต่แรก ให้เป็นเจ้าพระยาสุรสีห์ ครองเมืองพิษณุโลก พระยาศรีเสาวราช ไปครองเมืองสุโขทัย พระองค์ทอง ไปครองเมืองพิชัย หลวงจ่า (แสนย์) ไปครองเมืองสรรคโลก และเข้าใจว่า ได้ส่งครอบครัวเขมรที่ได้มาคราวไปตีเขมรนั้น ไปอยู่หัวเมืองเหนือโดยมาก

สงครามไทย-พม่า ครั้งที่ 12
ไทยได้หัวเมืองมอญ

พวกมอญไม่ชอบพม่า คิดหาโอกาสที่จะพ้นอำนาจพม่าอยู่เสมอ เมื่อยังอยู่ในอำนาจพม่า ก็ต้องยอมให้พม่า ใช้มารบพุ่งกับไทย ได้รับความยากลำบากมากเข้า ก็พยายามดิ้นรนให้พ้นจากอำนาจพม่ายิ่งขึ้น ครั้นเห็นกองทัพพระเจ้าหงสาวดี ทำสงครามแพ้ไทยติดต่อกันหลายครั้ง ครั้งล่าสุด ไทยก็ได้ยกกองทัพไปตีเมืองทวายและเมืองตะนาวศรีได้ จึงพากันกระด้างกระเดื่องต่อพม่า พระเจ้าหงสาวดีทรงขัดเคืองว่ามอญจะก่อการกบฏ จึงให้ยกกองทัพจากเมืองหงสาวดีมาปราบปราม
พวกมอญหนีกองทัพพม่าไปอยู่เมืองยะไข่บ้าง เชียงใหม่บ้าง แต่โดยมากเข้ามาอยู่กับสมเด็จพระนเรศวรที่กรุงศรีอยุธยา ต่อมา พระเจ้าหงสาวดีทรงตั้งขุนนางผู้ใหญ่ชื่อพระยาลาว มาเป็นเจ้าเมืองเมาะตะมะ ตำแหน่งเทศาภิบาลมณฑลหัวเมืองมอญฝ่ายใต้ ครั้งนั้น มีผู้กล่าวหาว่าพระยาโรเจ้าเมืองเมาะลำเลิง (เมืองมรแมน) มาเข้ากับไทย พระยาลาวจะเอาตัวพระยาเมาะลำเลิงไปชำระโทษ แต่พระยาเมาะลำเลิงรู้ตัวก่อน จึงรวบรวมกำลังตั้งแข็งเมือง แล้วส่งทูตเข้ามาขอสวามิภักดิ์กับกรุงศรีอยุธยา และขอให้ทางไทยยกกองทัพออกไปช่วย สมเด็จพระนเรศวรจึงมีรับสั่งให้พระยาศรีไศล คุมกองพลมีกำลังพล 3,000 ยกไปช่วยเมืองเมาะลำเลิง พอกองทัพไทยยกไปถึง พวกมอญตามหัวเมืองก็พากันมาเข้ากับไทยเป็นอันมาก จนพม่าที่รักษาเมืองเมาะตะมะต้องทิ้งเมืองหนีไป พระเจ้าหงสาวดีจึงให้พระเจ้าตองอูยกทับมาปราบปราม กองทัพไทยกับมอญช่วยกันรบพุ่ง ตีกองทัพพระเจ้าตองอูแตกพ่ายไป กองทัพไทยมอญไล่ติตตามไปจนถึงเมืองสะโตง แต่กำลังไม่พอที่จะรุกไล่ต่อไป จึงต้องยกกำลังกลับมาเมืองเมาะตะมะ
ผลจากการรบครั้งนี้ ทำให้หัวเมืองมอญฝ่ายใต้ ตั้งแต่เมืองเมาะตะมะ ตลอดมาจนต่อกับแดนไทย ได้มาเป็นเมืองขึ้นของกรุงศรีอยุธยาทั้งหมด

สงครามไทย-พม่าครั้งที่ 13
สมเด็จพระเรศวรตีเมืองหงสาวดี

การที่สมเด็จพระนเรศวร ได้หัวเมืองมอญฝ่ายใต้มาเป็นเมืองขึ้น นับว่าเป็นจุดหักเหที่มีนัยสำคัญ ของการสงครามไทยกับพม่า จากเดิม ฝ่ายพม่าเป็นฝ่ายยกทัพมาย่ำยีไทยมาโดยตลอด การได้หัวเมืองมอญฝ่ายใต้ ทำให้ไทยใช้เป็นฐานทัพ ที่จะยกกำลังไปตีเมืองหงสาวดีได้สะดวก
สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกกองทัพหลวงไปตีเมืองหงสาวดี ออกจากพระนคร เมื่อวันอาทิตย์ ขึ้น3 ค่ำ เดือนอ้าย ปีมะแม พ.ศ. 2138 มีกำลังพล 120,000 คน เดินทัพไปถึงเมืองเมาะตะมะ แล้วรวบรวมกองทัพมอญเข้ามาสมทบ จากนั้น ได้เสด็จยกกองทัพหลวงไปยังเมืองหงสาวดี เข้าล้อมเมืองไว้ กองทัพไทยล้อมเมืองหงสาวดีอยู่ 3 เดือน และได้เข้าปล้นเมือง เมื่อวันจันทร์ แรม 13 ค่ำ เดือน 4 ครั้งหนึ่ง แต่เข้าเมืองไม่ได้ ครั้นเมื่อทรงทราบว่าพระเจ้าแปร พระเจ้าอังวะ พระเจ้าตองอู ได้ยกกองทัพลงมาช่วยพระเจ้าหงสาวดีถึงสามเมือง เห็นว่าข้าศึกมีกำลังมากนัก จึงทรงให้เลิกทัพกลับ เมื่อวันสงกรานต์ เดือน 5 ปีวอก พ.ศ. 2139 และได้กวาดต้อนครอบครัวในหัวเมืองมณฑลหงสาวดี มาเป็นเชลยเป็นอันมาก และกองทัพข้าศึกมิได้ยกติดตามมารบกวนแต่อย่างใด
การสงครามครั้งนี้ สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงสันนิษฐานว่า สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกทัพไปครั้งนี้ เป็นการจู่ไป โดยไม่ให้ข้าศึกมีเวลาพอตระเตรียมการต่อสู้ได้พรักพร้อม และพระราชประสงค์ที่ยกไปนั้น น่าจะมีอยู่ 3 ประการคือ
ประการแรก ถ้าสามารถตีเอาเมืองหงสาวดีได้ก็จะตีเอาทีเดียว
ประการที่สอง ถ้าตีเมืองหงสาวดียังไม่ได้ครั้งนี้ ก็จะตรวจภูมิลำเนา และกำลังข้าศึกให้รู้ไว้ สำหรับคิดการคราวต่อไป
ประการที่สาม คงคิดกวาดต้อนผู้คนมาเป็นเชลยให้มาก เพื่อประสงค์จะตัดทอนกำลังข้าศึก และเอาผู้คนมาเพิ่มเติม เป็นกำลังสำหรับพระราชอาณาจักรต่อไป
ข้อสันนิฐานอื่น ๆ มีอยู่ว่า การกวาดต้อนผู้คนกลับพระราชอาณาจักรไทยครั้งนี้ น่าจะได้ช่วยนำคนไทย ผู้ซึ่งถูกพม่ากวาดต้อนเอาไปเป็นเชลย แล้วเอาตัวไว้ใช้งานตามเมืองต่าง ๆ กลับมาด้วย ประการต่อมา สาเหตุที่ยกทัพกลับนั้น นอกจากจะทรงเห็นว่า กองทัพข้าศึกกำลังระดมยกมาจากอีกสามเมืองใหญ่ มีกำลังมากแล้ว เสบียงอาหารของกองทัพไทยก็น่าจะขาดแคลน เพราะมีกำลังพลมาก และล้อมเมืองหงสาวดีอยู่นานถึงสามเดือน ประกอบกับใกล้เข้าสู่ฤดูฝนแล้ว และประการสุดท้าย การที่พระองค์ถอนทัพกลับ โดยที่พม่าไม่ได้ยกติดตามตีหรือรบกวนแต่อย่างใด ทั้งที่มีพลเรือนที่ถูกกวาดต้อนมาเป็นจำนวนมาก เช่นเดียวกับครั้งสงครามประกาศอิสรภาพที่เมืองแครง ก็น่าจะเป็นเพราะพระองค์ดำเนินการถอนทัพ และนำผู้คนพลเรือนกลับมาอย่างมีระบบ โดยให้พลเรือนล่วงหน้าไปก่อน อย่างครั้งสงครามประกาศอิสรภาพ พม่าไม่กล้าติดตาม เพราะได้ทราบบทเรียนจากครั้งนั้น ประกอบกับความเกลงกลัวในพระบรมเดชานุภาพของสมเด็จพระนเรศวร และความเข้มแข็งเก่งกล้าสามารถของกองทัพไทยในครั้งนั้น ทำให้กองทัพไทยถอนทัพกลับได้โดยราบรื่น ปราศจากการรบกวนใด ๆ

สงครามไทย-พม่าครั้งที่ 14
สมเด็จพระนเรศวรตีเมืองหงสาวดี ครั้งที่ 2

หลังจากที่สมเด็จพระนเรศวรยกทัพไปตีกรุงหงสาวดีครั้งแรกแล้ว ไทยก็ว่างศึกสงครามอยู่ 3 ปี ในระหว่างนั้น พม่ามีเหตุการณ์ต่าง ๆ เกิดขึ้นมากมาย ล้วนแต่ไม่เป็นผลดีต่อพม่า พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงได้ยกพระเจ้าอังวะให้เป็นพระมหาอุปราชา แทนที่จะยกให้แก่พระเจ้าแปร ซึ่งเคยทำสงครามมีความชอบมาแต่ก่อน พระเจ้าแปรคิดว่าพระเจ้าตองอูส่งเสริมพระเจ้าหงสาวดี ให้ดำเนินการไปเช่นนั้น ก็แค้นพระเจ้าตองอู จึงยกทัพไปตีเมืองตองอู เวลานั้นพระเจ้าตองอูยังอยู่ที่เมืองหงสาวดี ให้นัดจินหน่องผู้เป็นราชบุตรอยู่รักษาเมือง พระเจ้าแปรตีเมืองตองอูไม่ได้ จึงได้แต่แข็งเมือง ต่อมาเมืองตองอู เมืองยะไข่ เมืองเชียงใหม่ และกรุงศรีสัตนาคนหุต ก็ตั้งแข็งเมืองขึ้นมาบ้าง พระเจ้าหงสาวดีไม่รู้ที่จะทำประการใด เห็นว่าไม่มีกำลังพอที่จะปราบปรามได้ จึงต้องนิ่งอยู่

ฝ่ายพระหน่อแก้ว เจ้ากรุงศรีสัตนาคนหุต ได้หนุนให้พระยาน่านซึ่งขึ้นกับเมืองเชียงใหม่ ให้แข็งเมืองต่อเชียงใหม่ บรรดาชาวลานช้างซึ่งถูกกวาดต้อนไปจากถิ่นฐานเนื่องจากการสงคราม พอรู้ว่าพระหน่อแก้วประกาศเอกราชก็ดีใจ พากันอพยพครอบครัวจะกลับไปเมืองลานช้าง แต่เส้นทางกลับต้องผ่านเขตเมืองเชียงใหม่ พระเจ้าเชียงใหม่ชื่อมังนรธาช่อ ซึ่งเป็นน้องของพระเจ้าหงสาวดี ก็คอยขัดขวางเพื่อรักษาประโยชน์ของพม่า พระหน่อแก้วจึงเตรียมกองทัพ มารับครัวลานช้างไปจากเมืองเชียงใหม่ พระเจ้าเชียงใหม่ทราบเรื่องก็ร้อนตัว ประกอบกับการที่ตนเป็นพม่าเข้ามาปกครองชาวไทย เมื่อพม่าทำสงครามแพ้ไทย ราษฎรก็จะไม่กลัวเกรงพม่าอีกต่อไป ถ้ากองทัพกรุงศรีอยุธยาหรือกรุงศรีสัตนาคนหุตยกมาตี เกรงว่าราษฎรจะไปเข้ากับฝ่ายข้าศึก เมื่อเห็นสถานการณ์เป็นเช่นนั้น จึงหาทางออกด้วยการมาสวามิภักดิ์กับไทย พระเจ้าเชียงใหม่จึงส่งทูตเชิญราชสาส์น และเครื่องราชบรรณาการมายังกรุงศรีอยุธยา ขอเป็นข้าขอบขัณฑสีมา ต่อสมเด็จพระนเรศวร และขอพระราชทานกองทัพขึ้นไปช่วยคุ้มกันเมืองเชียงใหม่ สมเด็จพระนเรศวรจึงโปรดให้เจ้าพระยาสุรสีห์ เจ้าเมืองพิษณุโลก คุมกองทัพหัวเมืองฝ่ายเหนือขึ้นไปห้ามปราม มิให้ทางลานช้างมารุกรานเมืองเชียงใหม่ และให้พาตัวพระยารามเดโช ซึ่งเป็นท้าวพระยาเมืองเชียงใหม่ ที่หนีพม่ามาพึ่งสมเด็จพระนเรศวรที่กรุงศรีอยุธยา ขึ้นไปช่วยพระเจ้าเชียงใหม่รักษาบ้านเมืองต่อไปด้วย

เจ้าพระยาสุรสีห์ยกทัพขึ้นไปถึงเมืองเชียงแสน ห้ามทัพกรุงศรีสัตนาคนหุต ซึ่งยกกำลังมาตั้งติดเมืองเชียงแสนอยู่ ให้ยุติการรุกรานเมืองเชียงใหม่ ด้วยพระเจ้าเชียงใหม่ได้ยอมเป็นข้าขอบขัณฑสีมาของกรุงศรีอยุธยาแล้ว กองทัพกรุงศรีสัตนาคนหุต ได้ทราบเรื่อง ก็เกรงพระบรมเดชานุภาพสมเด็จพระนเรศวร พากันเลิกทัพกลับไป แต่เวลานั้นเมืองน่านและเมืองฝาง ยังไม่ยอมอ่อนน้อมต่อพระเจ้าเชียงใหม่ เจ้าพระยาสุรสีห์จึงให้พระยารามเดโช เป็นข้าหลวงอยู่ที่เมืองเชียงแสน เพื่อให้เกลี้ยกล่อมหัวเมืองที่ยังกระด้างกระเดื่อง และคอยระวังมิให้เกิดเหตุกับเมืองลานช้างต่อไป

ตั้งแต่นั้นมาดินแดนลานนาไทย ก็เข้ามาอยู่ในพระราชอาณาเขตของสมเด็จพระนเรศวรมาโดยตลอด เป็นการเริ่มรวมชนชาติไทย เข้ามาเป็นปึกแผ่นอันหนึ่งอันเดียวกัน
นอกจากที่กล่าวมาแล้ว ยังมีเหตุการณ์เกิดขึ้นทางเมืองยะไข่ ซึ่งแต่เดิมเป็นประเทศอิสระอยู่ทางชายทะเลด้านตะวันตก ต่อมาได้ตกเป็นประเทศราชของพม่า ในสมัยพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนอง เมื่อพระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงเสื่อมอำนาจลง พระเจ้ายะไข่ก็ตั้งแข็งเมืองบ้าง เช่นเดียวกับเมืองใหญ่อื่น ๆ ที่ได้กล่าวมาแล้ว เหตุการณ์ดังกล่าวได้เกิดขึ้นโดยต่อเนื่องกันมา ตั้งแต่ปีมะแม พ.ศ. 2138 จนถึงปีจอ พ.ศ. 2141

สมเด็จพระนเรศวรทรงพระราชดำริเห็นว่า เมืองหงสาวดีปั่นป่วน เป็นโอกาสของฝ่ายไทย จึงทรงให้เตรียมการตีเมืองหงสาวดีอีกครั้งหนึ่ง การยกทัพไปครั้งนี้ได้มีการเตรียมการเป็นขั้นตอน ไม่ได้ยกแบบจู่โจมไปเช่นครั้งก่อน เริ่มต้นด้วยการให้เจ้าพระยาจักรี คุมกองทัพ มีกำลังพล 15,000 คน ยกออกไปเมื่อต้นปีกุน พ.ศ. 2142 ไปตั้งทัพอยู่ที่เมืองเมาะลำเลิง เกณฑ์ผู้คนมาทำนาในปีฤดูฝนปีนั้น เพื่อเตรียมเสบียงอาหารไว้สำหรับกองทัพหลวง และได้เกณฑ์กองทัพเมืองทวาย มีกำลังพล 5,000 คน ให้ไปตั้งต่อเรือสำหรับกองทัพ ที่เกาะพะรอก แขวงเมืองวังราว (ปัจจุบัน คือเมือง อัมเฮิสต์ )
ครั้งนั้น หัวเมืองขึ้นของเมืองหงสาวดี ทราบเรื่องว่า สมเด็จพระนเรศวรจะเสด็จไปตีเมืองหงสาวดี ก็พากันมาอ่อนน้อมหลายเมือง ที่สำคัญ คือ เมืองยะไข่ (ละเคิง) กับเมืองตองอู ซึ่งได้ตั้งแข็งเมืองอยู่ก่อนแล้ว ทั้งสองเมืองนี้ได้มีศุภอักษร ให้ทูตถือมาถวายสมเด็จพระนเรศวร ที่กรุงศรีอยุธยา รับว่าถ้าเสด็จไปตีเมืองหงสาวดีเมื่อใด ก็จะยกกองทัพลงมาช่วย การดำเนินการทางการทูตของทั้งสองเมืองนี้ ทางกรุงหงสาวดีไม่ทราบเรื่อง
การที่เมืองทั้งสองมาอ่อนน้อมต่อสมเด็จพระนเรศวรนั้น นอกจากจะเป็นการปลอดภัยจากกองทัพไทยแล้ว ก็ยังหวังประโยชน์ที่จะได้เพิ่มเติมจากสถานภาพที่เป็นอยู่ปัจจุบัน กล่าวคือ

เมืองยะไข่เป็นเมืองชายทะเล ชาวเมืองย่อมชำนาญในการใช้เรือ พระเจ้ายะไข่อยากได้หัวเมืองขึ้นหงสาวดี ที่ต่อแดนกับทางชายทะเลตะวันออก ไปเป็นเมืองขึ้นของยะไข่ จึงมาขอเข้ากับไทย ด้วยหวังว่าจะให้สมเด็จพระนเรศวร ยอมยกหัวเมืองดังกล่าวให้เป็นบำเหน็จ เมื่อทูตยะไข่กลับจากกรุงศรีอยุธยา พระเจ้ายะไข่ทราบว่า สมเด็จพระนเรศวรรับเป็นไมตรีแล้ว ก็ให้กองกำลังทางเรือยกมายึดเมืองสิเรียม (เมืองเสรียง) ซึ่งตั้งอยู่ที่ปากน้ำหงสาวดีไว้ได้ และรอท่ากองทัพไทยอยู่ สำหรับการปฏิบัติการขั้นต่อไป

ส่วนเมืองตองอู พระเจ้าตองอูเห็นว่า เมื่อสมเด็จพระนเรศวรตีเมืองหงสาวดีได้แล้ว คงจะแสวงหาผู้ที่จะครอบครองเมืองหงสาวดีต่อไป และเมื่อได้เป็นพระเจ้าหงสาวดี โดยที่มีกำลังฝ่ายไทยสนับสนุนอยู่ ก็จะได้เป็นใหญ่ในเมืองพม่า อย่างไรก็ตาม ที่เมืองตองอูในเวลานั้นมีพระภิกษุรูปหนึ่ง ชื่อพระมหาเถรเสียมเพรียม เป็นผู้ที่มีความเห็นต่างไปจากพระเจ้าตองอู เมื่อทราบว่าพระเจ้าตองอู มาอ่อนน้อมต่อไทย จึงเข้าไปทัดทานด้วย เหตุผลว่าการที่พระเจ้าตองอูหมายจะเป็นใหญ่ โดยปกติพึ่งไทยนั้นเห็นจะไม่สมคิด เพราะกรุงหงสาวดีและกรุงศรีอยุธยา ได้ทำศึกขับเคี่ยวกันมา ก็ด้วยประสงค์จะแข่งอำนาจกัน ถ้าพระนเรศวรได้เมืองหงสาวดีแล้ว คงไม่ยอมให้ใครมีอำนาจเป็นคู่แข่งอีก คงคิดจะตัดรอนทอนกำลัง ไม่ให้เมืองหงสาวดีกลับเป็นอิสระได้อีกต่อไป คงได้เป็นเพียงประเทศราชขึ้นกรุงศรีอยุธยา เหมือนอย่างที่เมืองตองอูขึ้นพระเจ้าหงสาวดีอยู่ปัจจุบัน หนทางที่พระเจ้าตองอูคิดจะเป็นใหญ่โดยลำพัง ไม่ต้องไปเป็นเมืองขึ้นของไทยนั้นมีอยู่ แล้วก็ได้บอกอุบายให้พระเจ้าตองอูทราบ พระเจ้าตองอูก็เห็นด้วย จึงได้แต่งคนสนิท ให้ลอบมาเที่ยวยุยงพวกมอญ ที่ถูกไทยเกณฑ์ให้ทำนา ให้เป็นอริกับไทย โดยยุยงมอญว่า เมื่อเสร็จสงครามแล้ว พวกมอญก็จะถูกฝ่ายไทยกวาดต้อนมาไว้ที่กรุงศรีอยุธยา พวกมอญเหล่านั้นจึงซ่องสุมกัน มีท่าทีว่าจะก่อการกบฎต่อไทย เมื่อสมเด็จพระนเรศวรยกกองทัพหลวงจากพระนครศรีอยุธยา พร้อมสมเด็จพระเอกาทศรถ เมื่อปลายปี พ.ศ. 2142 เมื่อมาถึงเมืองมอญ พระองค์ต้องใช้เวลาถึงสามเดือน จึงปราบมอญลงได้ นับเป็นอุปสรรคสำคัญประการหนึ่ง ในการยกกองทัพไปตีเมืองหงสาวดี
นอกจากนั้น พระเจ้าตองอูยังได้ดำเนินกุศโลบายขั้นต่อไป โดยแต่งทูตไปยังกองทัพเมืองยะไข่ ซึ่งตั้งอยู่ที่เมืองสิเรียม ชักชวนพระเจ้ายะไข่ ให้ยกทัพไปติดเมืองหงสาวดี ส่วนพระเจ้าตองอูจะยกกองทัพไป ทำประหนึ่งว่าจะไปช่วยพระเจ้าหงสาวดี เมื่อเข้าเมืองหงสาวดีได้แล้ว ก็จะหย่าทัพกับพระเจ้ายะไข่ แล้วจะยอมยกหัวเมืองทางชายทะเลให้ตามที่ทางยะไข่ต้องการ พระเจ้ายะไข่เห็นดีด้วยกับแผนการนี้ จึงตกลงด้วย แล้วทั้งสองเมืองก็เริ่มดำเนินการตามแผน โดยยกกองทัพไปตีเมืองหงสาวดี เมื่อเดือน 12 ปีกุน แต่เหตุการณ์ไม่เป็นไปตามที่คาดการณ์ไว้ พระเจ้าหงสาวดีมีความระแวง ไม่ไว้ใจพระเจ้าตองอู จึงไม่ยอมให้กองทัพเมืองตองอูเข้าเมือง กองทัพเมืองตองอูและกองทัพเมืองยะไข่ จึงต้องล้อมเมืองหงสาวดีไว้

เมื่อเมืองหงสาวดีถูกล้อมอยู่นานเข้า เกิดขาดแคลนเสบียงอาหาร พวกผู้คนพลเมืองที่อดหยากก็พากันหลบหนี ไปพึ่งพระเจ้าตองอูมากขึ้น จนถึงพวกข้าราชการ และในที่สุดพระมหาอุปราชาเอง ก็ไปข้ากับพระเจ้าตองอู เมื่อได้ข่าวว่ากองทัพสมเด็จพระนเรศวร ยกไปถึงเมืองเมาะตะมะ พระเจ้าหงสาวดีเห็นว่าไม่มีทางเลือก จึงยอมให้กองทัพพระเจ้าตองอูเข้าไปในพระนคร แล้วมอบราชการบ้านเมือง ให้พระเจ้าตองอูบังคับบัญชาต่างพระองค์แต่นั้นมา พระเจ้าตองอูจึงส่งราชธิดาของพระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงองค์หนึ่ง กับช้างเผือกเชือกหนึ่ง ไปถวายพระเจ้ายะไข่ แล้วขอหย่าศึกตามที่ได้ตกลงกันมาแต่ต้น และขอให้กองทัพพระเจ้ายะไข่ คอยกีดกันกองทัพสมเด็จพระนเรศวร พระเจ้ายะไข่ก็ยินยอมตามนั้น จากนั้น พระเจ้าตองอูก็ทูลพระเจ้าหงสาวดีว่า กองทัพสมเด็จพระนเรศวรที่ยกมาครั้งนี้ มีกำลังมากนัก จะต่อสู้อยู่ที่เมืองหงสาวดี คงรับไว้ไม่ไหว ให้เชิญเสด็จไปเมืองตองอู เพื่อตั้งรับต่อสู้ข้าศึกที่นั่น แล้วพระเจ้าตองอูก็ทะยอยส่งผู้คน และทรัพย์สมบัติส่งไปเมืองตองอู โดยส่งพระมหาอุปราชาไปก่อน เมื่อไปถึงไม่นานนัดจินหน่อง ราชบุตรพระเจ้าตองอู ก็ลอบปลงพระชนม์พระมหาอุปราชาเสีย แล้วปกปิดไม่ให้ความทราบถึงพระเจ้าหงสาวดี

สมเด็จพระนเรศวรพร้อมด้วยสมเด็จพระเอกาทศรถ เสด็จยกกองทัพหลวงมีกำลังพล 10,000 คน ออกจากกรุงศรีอยุธยา เมื่อวันขึ้น 11 ค่ำ เดือน 11 พ.ศ. 2142 เดินทัพไปทางด่านเจดีย์สามองค์ เมื่อเสด็จถึงเมืองเมาะตะมะ ต้องทรงยับยังทัพ เพื่อปราบปรามพวกมอญกบฎอยู่เกือบสามเดือน จึงสงบราบคาบ เมื่อพระองค์ทราบว่า กองทัพเมืองยะไข่กับกองทัพเมืองตองอู ตั้งล้อมเมืองหงสาวดีอยู่ก็แคลงพระทัย ที่เห็นกองทัพทั้งสองเมืองด่วนไปกระทำการเสียก่อน ไม่เป็นไปตามที่ได้กราบทูลเอาไว้ ดังนั้น เมื่อปราบปรามพวกมอญเสร็จเรียบร้อยแล้ว ก็เสด็จยกกองทัพหลวงจากเมืองเมาะตะมะ เมื่อเดือนสาม ปีกุนนั้น
ฝ่ายพระเจ้าตองอูทราบดังนั้น ก็พาพระเจ้าหงสาวดีออกจากพระนคร เมื่อวันขึ้น 2 ค่ำ เดือนสี่ มุ่งไปเมืองตองอู ทิ้งเมืองหงสาวดีไว้ให้พวกยะไข่ พวกยะไข่จึงเก็บทรัพย์สมบัติที่ยังคงเหลืออยู่ที่เมืองหงสาวดี แล้วเผาปราสาทราชวัง วัดวาอาราม จนไฟไหม้ลุกลามไปทั้วเมือง แล้วพากันหลบหนีจากพระนครไป

สมเด็จพระนเรศวรเสด็จไปถึงเมืองหงสาวดี เมื่อวันขึ้น 10 ค่ำ เดือน 4 หลังจากที่พระเจ้าตองอู พาพระเจ้าหงสาวดีหนีไปได้ 8 วัน พระองค์ทอดพระเนตรเห็นเมืองเหลือแต่ทรากก็ขัดพระทัย จึงทรงให้ทัพหลวงตั้งค่ายประทับอยู่ที่สวนหลวงใกล้พระธาตุมุตาว แล้วแต่งข้าหลวง ถือหนังสือรับสั่งไปยังพระเจ้าตองอู ถึงเรื่องที่ได้ให้สัญญากันไว้ เมื่อเหตุการณ์มาเป็นเช่นนี้ ถ้าหากว่าพระเจ้าตองอูซื่อตรงคงความสัตย์อยู่ ก็ให้มาเฝ้า และพาพระเจ้าหงสาวดีมาถวายตามประเพณี ถ้าไม่ทำดังนั้น จะยกกองทัพตามไปตีเมืองตองอูให้จงได้
พระเจ้าตองอูได้ทราบหนังสือรับสั่ง พยายามหาทางผ่อนคลายประณีประนอม แก้ตัวและประวิงเวลา โดยให้มังรัดอ่องเป็นทูต เชิญพระธำมรงค์เพชรสามยอด อันเป็นเครื่องราชูปโภคสำหรับพระเจ้าหงสาวดี มาถวายสมเด็จพระนเรศวร ทูลว่า พระเจ้าหงสาวดีประชวรอยู่ และทางตองอูกำลังรวบรวมช้างม้าพาหนะที่ได้จากเมืองหงสาวดี เมื่อพระเจ้าหงสาวดีหายประชวร ก็จะนำมาถวายพร้อมกัน พระเจ้าตองอูยังมีความสามิภักดิ์ซื่อตรงอยู่ หาได้คิดกลับสัตย์อย่างไรไม่ ขอเชิญเสด็จพักอยู่ที่เมืองหงสาวดีก่อน สมเด็จพระนเรศวรทรงรู้เท่าทันว่า พระเจ้าตองอูไม่สุจริตจริง ต้องการหน่วงทัพหลวงประวิงเวลาไว้ เพื่อให้มีเวลาเตรียมรักษาเมืองตองอู จึงทรงปรึกษานายทัพนายกอง ถึงการที่จะยกไปตีเมืองตองอูต่อไป

ฝ่ายพระเจ้ายะไข่ เมื่อหย่าทัพกับพระเจ้าตองอูแล้ว ก็ถอยทัพกลับไปตั้งอยู่ที่เมืองสิเรียม เมื่อสมเด็จพระนเรศวรเสด็จถึงเมืองหงสาวดี พระเจ้ายะไข่จึงให้ขุนนางผู้ใหญ่เป็นทูต เข้าไปเฝ้ากราบทูลชี้แจงว่า ได้ยกทัพมาช่วยตามที่ได้รับไว้ แต่พระเจ้าตองอูคิดกลอุบายชิงเอาเมืองหงสาวดีได้ กองทัพยะไข่ไม่รู้ที่จะทำประการใด จึงถอยไปรอกองทัพไทยอยู่ที่เมืองสิเรียม ได้เตรียมกำลังพลไว้ 5,000 คน จะให้กองทัพยะไข่ปฏิบัติการอย่างไร ก็พร้อมที่จะปฏิบัติ สมเด็จพระนเรศวรทรงแคลงพระทัย ที่พระเจ้ายะไข่ไม่ได้มาเฝ้าเอง และทรงทราบกิตติศัพท์ว่า พวกยะไข่เผาเมืองหงสาวดี จึงมีรับสั่งตอบว่า กองทัพหลวงมีกำลังพลมากพออยู่แล้ว อย่าให้กองทัพยะไข่ยกมาเลย

สมเด็จพระนเรศวร โปรดให้กองทัพพระยาจันทบุรี อยู่รักษาเมืองหงสาวดี แล้วพระองค์เสด็จยกกองทัพหลวงขึ้นไปเมืองตองอู เมืองตองอูตั้งอยู่ในลุ่มแม่น้ำสะโตง อยู่ทางเหนือของเมืองหงสาวดี ห่างไปประมาณ 6,000 เส้น (240 กิโลเมตร) เส้นทางที่ไปเป็นทางทุรกันดาร ต้องข้ามเทือกเขาสูงและป่าสูง มีไข้ป่าชุกชุม สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกทัพไปครั้งนั้น มุ่งหมายเพียงจะตีเมืองหงสาวดีซึ่งอยู่บนที่ราบ ไม่ได้เตรียมการที่จะยกทัพไปถึงเมืองตองอู แต่เนื่องจากสถานการณ์ที่เกิดขึ้นในระหว่างเวลานั้น ทำให้พระองค์ต้องขยายผลการรบออกไป การเดินทัพของพระองค์ ไม่ได้มีการขัดขวางต้านทานจากข้าศึกแต่อย่างใด

เมื่อกองทัพหลวงยกไปถึงเมืองตองอู ก็ให้ล้อมเมืองไว้ โปรดให้พระยาแสนหลวง พระยานคร คุมกองทัพเมืองเชียงใหม่ ตั้งทางด้านใต้ ร่วมกับกองทัพพระยาศรีสุธรรม พระยาท้ายน้ำ และหลวงจ่าแสนบดี กองทัพหลวงก็ตั้งอยู่ทางด้านใต้เช่นกัน ด้านตะวันออกให้กองทัพพระยาเพชรบูรณ์ พระยาสุพรรณบุรี กับหลวงมหาอำมาตย์ไปตั้ง ด้านเหนือให้กองทัพเจ้าพระยาสุรสีห์ และพระยากำแพงเพชรไปตั้ง ด้านตะวันตก ให้กองทัพพระยานครราชสีมา พระสิงคบุรี ขุนอินทรภิบาล แสนภูมิโลกาเพชร ไปตั้ง ให้เจ้าพระยาสุรสีห์เป็นผู้ตรวจตราหน้าที่ทั้งปวงทั่วไป
เมืองตองอูมีคูเมืองกว้างและลึกมาก สมเด็จพระนเรศวรจึงมีรับสั่งให้ขุดเหมือง ไขน้ำในคูเมืองให้ไหลออกไปลงแม่น้ำ เหมืองนั้นยังปรากฎอยู่ พม่าเรียกว่าเหมืองสยามมาจนถึงทุกวันนี้ ครั้นไขน้ำออกหมดแล้ว ก็ให้กองทัพยกเข้าปล้นเมือง ฝ่ายเมืองตองอูก็ต่อสู้ป้องกันเมืองเป็นสามารถ ฝ่ายไทยเข้าปล้นเมืองหลายครั้ง ก็ยังเข้าเมืองไม่ได้ กองทัพไทยล้อมเมืองตองอูอยู่สองเดือน เสบียงอาหารก็ขาดแคลน เพราะเส้นทางส่งกำลังจากทางใต้ก็ยาวไกล และทุรกันดาร นอกจากนั้นพวกกองโจรยะไข่ ก็คอยตีตัดการลำเลียง อีกประการหนึ่ง ให้กองทัพออกลาดตระเวณหาเสบียงอาหารในพื้นที่ขึ้นไปถึงเมืองอังวะ ก็ได้ไม่เพียงพอ ประกอบกับล่วงเข้าต้นฤดูฝน จึงทรงให้ถอยทัพกลับจากเมืองตองอู เมื่อวันแรม 6 ค่ำ เดือน 6 ปีชวด พ.ศ. 2143 ฝ่ายพระเจ้าตองอูก็มีความครั่นคร้าม ไม่กล้ายกทัพออกติดตาม จึงเป็นการหย่าทัพ ถอยมาได้โดยสะดวก กองทัพไทยกลับมาทางตรอกหม้อ เมื่อถึงตำบลคับแค ก็โปรดให้สมเด็จพระเอกาทศรถ ยกกองทัพแยกมาทางเมืองเชียงใหม่ เพื่อระงับเหตุวิวาทระหว่างพระเจ้าเชียงใหม่กับพระยารามเดโช ส่วนสมเด็จพระนเรศวรเสด็จกลับทางเมืองเมาะตะมะ ทรงตั้งพระยาทะละเจ้าเมืองมอญ ให้เป็นเจ้าเมืองเมาะตะมะ ดูแลหัวเมืองมอญต่างพระเนตรพระกรรณ แล้วทรงยกทัพกลับพระนคร

ฝ่ายสมเด็จพระเอกาทศรถ เมื่อเสด็จยกกองทัพถึงเมืองเถิน ก็ให้ตั้งทัพอยู่ ณ ที่นั้น แล้วมีรับสั่งให้เจ้าเมืองเชียงใหม่ และเจ้าเมืองใหญ่น้อยในดินแดนลานนา ให้มาเฝ้าพระองค์ที่เมืองเถิน เพื่อทรงจัดการระงับเรื่องวิวาทที่เกิดขึ้น อันมีสาเหตุมาจากที่มีผู้คนมาเข้ากับพระยารามเดโชเป็นอันมาก พวกเจ้าเมืองที่กระด้างกระเดื่องต่อพระเจ้าเชียงใหม่ ก็มีพระยาราม และพระยาฝาง อาณาเขตลานนาจึงแตกเป็นสองฝ่าย ฝ่ายเหนือขึ้นต่อพระยารามเดโช เป็นข้าหลวงอยู่ที่เมืองเชียงแสน ฝ่ายใต้ขึ้นต่อพระเจ้าเชียงใหม่

บรรดาเจ้าเมืองใหญ่น้อยในแคว้นลานนา ต่างพากันมาเฝ้าถวายต้นไม้ทองเงิน และเครื่องราชบรรณาการถึงเมืองเถินทุกเมือง เว้นเจ้าเมืองเชียงใหม่ ให้บุตรคุมเครื่องราชบรรณาการมาแทน สมเด็จพระเอกาทศรถจึงเสด็จยกทัพขึ้นไปยังเมืองลำพูน แล้วให้ข้าหลวงเข้าไปบอกพระเจ้าเชียงใหม่ ถึงเรื่องที่สมเด็จพระนเรศวรทรงมอบหมายมา พระเจ้าเชียงใหม่ได้แจ้งกระแสรับสั่งดังนั้น ก็มีความเกรงกลัว มาเฝ้าที่เมืองลำพูน แล้วถวายพระทุลองราชบุตร ให้ลงมาทำราชการที่กรุงศรีอยุธยา และถวายพระราชธิดาอีกองค์หนึ่งด้วย
สมเด็จพระเอกาทศรถทรงเห็นว่า พระเจ้าเชียงใหม่สิ้นทิษฐิแล้ว จึงมีรับสั่งให้ตั้งการพิธีที่พระธาตุหริภุญชัย ให้พระเจ้าเชียงใหม่ถือน้ำกระทำสัตย์ต่อกรุงศรีอยุธยา แล้วให้เจ้าเมืองใหญ่น้อยทั้งปวง ถือน้ำกระทำสัตย์ต่อพระเจ้าเชียงใหม่ แล้วเสด็จกลับพระนคร

สงครามไทย-พม่าครั้งที่ 15
สงครามครั้งที่สุดของสมเด็จพระนเรศวร

ตั้งแต่สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกกองทัพกลับจากเมืองตองอูแล้ว กรุงศรีอยุธยาก็ว่างศึกกับพม่ามอญถึงสามปี ตั้งแต่ พ.ศ. 2143 ถึง พ.ศ. 2146 ในระหว่างนั้น ดินแดนพม่าทางภาคใต้ ตั้งแต่กรุงหงสาวดีลงมา ตกเป็นของไทยทั้งหมด ส่วนดินแดนทางพม่าเหนือ อันประกอบด้วยรัฐไทยใหญ่ต่าง ๆ นั้น ตั้งแต่รัฐแสนหวี ยอมเป็นข้าขอบขัณฑสีมาของสมเด็จพระนเรศวรแล้ว รัฐไทยใหญ่อื่น ๆ เช่น เมืองนาย (เมืองหน่าย) เมืองหาง (เมืองห้างหลวง) ก็เข้ามาเป็นข้าขอบขันฑสีมาเพิ่มขึ้นอีก พม่าที่ก่อนหน้านี้เป็นประเทศใหญ่ ก็กลายเป็นประเทศเล็กลงมาก ครั้งนั้น อาณาเขตไทยทางด้านทิศเหนือ จึงแผ่เข้าไปจนต่อกับแดนประเทศจีน
ฝ่ายพระเจ้าตองอู เมื่อพาเอาพระเจ้าหงสาวดีไปประทับที่ที่เมืองตองอูดังกล่าวแล้ว เพื่อประสงค์จะให้คนทั้งปวงเห็นว่า เป็นผู้อุปถัมภ์พระเจ้าหงสาวดี แล้วจะแอบอ้างรับสั่ง เพื่อบังคับบัญชาปกครองพม่าทั่วราชอาณาเขต และคงจะได้เป็นผู้รับรัชทายาท เมื่อสมเด็จพระนเรศวรเลิกทัพกลับไป พระเจ้าตองอูจึงทำหนังสือรับสั่งพระเจ้าหงสาวดี ประกาศไปตามหัวเมืองทั้งปวงว่า การที่เกิดศึกสงครามถึงพระนคร เป็นเพราะชะตาเมืองหงสาวดีถึงเวลาเสื่อมทราม พระเจ้าหงสาวดีจึงเสด็จแปรพระราชฐานไปอยู่ที่เมืองตองอู เอาเมืองนี้เป็นราชธานีสัก 7 ปี เมื่อบ้านเมืองสิ้นเคราะห์แล้ว ก็จะเสด็จกลับไปอยู่เมืองหงสาวดีตามเดิม เจ้าทั้งปวงได้รับหมายประกาศแล้ว ที่เชื่อถือก็มี แต่ที่สงสัยว่าพระเจ้าตองอูคิดกลอุบาย ที่จะชิงราชสมบัติมีมากกว่า มีเจ้าเมืองที่ยังสวามิภักดิ์ต่อพระเจ้าหงสาวดีหลายคน พากันยกกองทัพไปยังเมืองตองอู หวังจะไปชิงเอาพระเจ้าหงสาวดีมา พระเจ้าตองอูทราบเรื่อง จึงไปทูลพระเจ้าหงสาวดีว่า เจ้าเมืองเหล่านั้นเห็นจะไปเข้าด้วยกับสมเด็จพระนเรศวรเสียแล้ว ที่ยกกองทัพมา ก็เพื่อจะล่อลวงเอาพระองค์ไปถวายพระนเรศวร จึงขอให้ทำหนังสือรับสั่ง ประทับพระราชลัญจกรเป็นสำคัญ ส่งไปยังบรรดาเจ้าเมืองเหล่านั้นมีความว่า
ตามพระราชประเพณีมาแต่เดิม ย่อมจะต้องมีท้องตราสั่ง หัวเมืองจึงจะยกกองทัพเข้ามายังราชธานีได้ ถ้ายกเข้ามาโดยอำเภอใจ ก็มีความผิดฐานเป็นกบฎ ในครั้งนี้หาได้มีท้องตราให้หาไม่ การที่บังอาจยกกองทัพเข้ามาเช่นนี้ จะคิดเป็นกบฎหรืออย่างไร
พวกเจ้าเมืองได้เห็นหนังสือรับสั่งก็จนใจ พากันเลิกทัพกลับไป และเมื่อทราบว่าราชการงานเมือง สิทธิ์ขาดอยู่กับพระเจ้าตองอูทั้งสิ้น ก็พากันท้อใจ ที่เป็นเมืองใหญ่อยู่โดยลำพังได้ ก็พากันตั้งแข็งเมือง ไม่ยอมขึ้นต่อพระเจ้าตองอู เหล่าหัวเมืองมอญในมณฑลราชธานี ที่ยังไม่ได้เป็นเมืองขึ้นของไทยแต่ก่อน ก็พากันมาอ่อนน้อมต่อพระยาทะละ ขอเป็นข้าขอบขันฑสีมาของสมเด็จพระนเรศวร ในพงศาวดารพม่ากล่าวว่า ครั้งนั้นบรรดาหัวเมืองมอญที่อยู่ใต้เมืองหงสาวดีลงมา ก็มาเป็นเมืองขึ้นของไทยทั้งสิ้น
เมื่อพระเจ้าหงสาวดีประทับอยู่ที่เมืองตองอูได้ 8 เดือน นัดจินหน่อง ราชบุตรพระเจ้าตองอูวิตกว่า พระเจ้าหงสาวดียังประทับอยู่เมืองตองอูตราบใด แทนที่เมืองตองอูจะได้ประโยชน์ ดังที่พระเจ้าตองอูคาดหวัง เมืองตองอูกับจะเป็นอันตราย ทั้งจากภายในพม่าเอง และจากสมเด็จพระนเรศวร เมื่อคิดเห็นดังนั้น จึงได้วางยาพิษ ปลงพระชนม์พระเจ้าหงสาวดี เมื่อ วันแรม 10 ค่ำ เดือน 12 ปีชวด พ.ศ. 2143 พระเจ้าตองอูทราบเรื่องก็ตกพระทัย แต่เมื่อเห็นว่าเหตุการณ์สายเกินแก้แล้ว จึงให้จึงให้มีหมายประกาศว่า พระเจ้าหงสาวดีประชวรสิ้นพระชนม์ และขณะประชวรหนักอยู่ ได้ทรงมอบเวนราชสมบัติแก่พระเจ้าตองอูผู้เป็นพระอนุชาธิราช แต่ประกาศนั้นไม่มีเมืองใดเชื่อถือ
ขณะเมื่อพระเจ้าหงสาวดี อพยพออกจากเมืองหงสาวดีไปเมืองตองอูนั้น เจ้านะยองราม พระอนุชาได้หนีไปอยู่เมืองพุกาม เมื่อทราบว่า พระเจ้ากรุงหงสาวดีนันทบุเรงสิ้นพระชนม์ ก็รวบรวมผู้คนอยู่ที่เมืองอังวะ เวลานั้นเมืองอังวะมีแต่ขุนนางว่าราชการเมือง เนื่องจากพระเจ้าอังวะได้ไปเป็นพระมหาอุปราชา พวกชาวเมืองเห็นว่าเจ้านะยองราม เป็นราชบุตรพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนอง ก็พากันนิยมยินดี ยกเจ้านะยองรามขึ้นเป็นพระเจ้าอังวะ ตั้งตนเป็นอิสระ ดังนั้น เมืองพม่าจึงแตกเป็นสามพวก คือ พระเจ้าตองอู ซึ่งตั้งตัวเป็นพระเจ้าหงสาวดีพวกหนึ่ง พระเจ้าแปรซึ่งตั้งแข็งเมืองมาแต่ครั้งพระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรง พวกหนึ่ง และพระเจ้าอังวะอีกพวกหนึ่ง
พระเจ้าตองอูกับพระเจ้าแปร เห็นผู้คนพากันนิยมพระเจ้าอังวะมากขึ้นก็เกิดความวิตก เกรงว่าเมื่อพระเจ้าอังวะมีกำลังมากขึ้น จะยกกองทัพมาตีเมืองตองอู และเมืองแปร จึงได้ปรึกษาหารือกันที่จะร่วมกัน ยกกองทัพไปตีเมืองอังวะเสียก่อน เมื่อตกลงกันได้แล้ว ก็ให้พระเจ้าแปรยกกำลังทางเรือ พระเจ้าตองอูยกกำลังทางบก เข้าตีเมืองอังวะพร้อมกัน เมื่อถึงวันกำหนดที่จะยกกองทัพออกไป พระเจ้าแปรถูกลอบทำร้ายถึงแก่พิราลัย พระเจ้าตองอูไม่ทราบเรื่อง ต่อมาเมื่อยกกองทัพออกไปแล้ว จึงมาทราบเรื่องทีหลัง ก็เลยคิดจะเอาเมืองแปรไว้ในอำนาจก่อน จึงยกกองทัพไปตีเมืองแปร แต่ไม่สามารถตีหักเอาเมืองแปรได้ ต้องเลิกทัพกลับไปเมืองตองอู พม่าก็คงแบ่งออกเป็นสามพวก เป็นอิสระแก่กันต่อมาดังเดิม เหตุการณ์ดังกล่าว เกิดขึ้นในห้วงเวลาระหว่าง ปีชวด พ.ศ. 2143 ถึง ปีเถาะ พ.ศ. 2146 ต่อมาพระเจ้าอังวะก็ทำพิธีราชาภิเษก เป็นพระเจ้าแผ่นดิน ทรงพระนามว่า พระเจ้าสีหสุธรรมราชา แล้วก็คิดขยายอาณาเขตให้กว้างขวางออกไป เนื่องจากเมืองอังวะอยู่ข้างเหนือใกล้กับแดนไทยใหญ่ จึงได้แผ่อำนาจออกไปทางดินแดนไทยใหญ่ ในเวลานั้น ประเทศราชไทยใหญ่ที่เรียกว่า 19 เจ้าฟ้า แต่เดิมเคยขึ้นอยู่กับพระเจ้าหงสาวดี ครั้งเห็นพระเจ้าหงสาวดีหมดอำนาจ ก็พากันตั้งแข็งเมือง ที่อยู่ใกล้เขตแดนไทย ก็พากันมายอมขึ้นแก่ไทยบ้าง ครั้นพระเจ้าอังวะมีอำนาจขึ้น พวกที่อยู่ใกล้แดนพม่า ก็กลับมายอมอ่อนน้อมต่อพระเจ้าอังวะ ส่วนพวกที่อยู่ห่างไกลออกไปก็ยังตั้งแข็งเมืองอยู่ พระเจ้าอังวะก็ยกกองทัพไปปราบปราม ตีได้หัวเมืองไทยใหญ่ ที่ตั้งตัวเป็นอิสระได้มาตามลำดับ จนมาถึงเมืองหน่ายซึ่งมาขึ้นอยู่กับไทย พระเจ้าอังวะตีได้เมืองหน่ายแล้วก็จะเข้าตีเมืองแสนหวี สมเด็จพระนเรศวรทรงทราบก็ขัดเคือง จึงดำรัสสั่งให้เกณฑ์กำลังพล จำนวน 100,000 คน จะเสด็จยกไปตีเมืองอังวะ
กองทัพไทยจะเดินไปทางเมืองเชียงใหม่ ไปข้ามแม่น้ำสาลวินที่เมืองหาง แล้วเดินทัพผ่านดินแดนไทยใหญ่ เข้าไปแดนพม่า ที่ใกล้เมืองอังวะ เส้นทางเดินทัพนี้ จะสะดวกกว่าเส้นทางที่ผ่านเมืองมอญ เพราะเส้นทางนั้นจะต้องผ่านเมืองตองอู และเมืองแปรก่อน จึงจะผ่านไปเมืองอังวะได้ การเดินทัพครั้งนี้ ใช้พื้นที่เขตเมืองเชียงใหม่เป็นที่ประชุมพล แล้วเกณฑ์กองทัพเมืองมอญ กับกองทัพชาวลานนาไทย จำนวนกำลังพลประมาณ 200,000 คน

สมเด็จพระนเรศวร กับสมเด็จพระเอกาทศรถ เสด็จยกกองทัพออกจากพระนคร เมื่อ วันพฤหัสบดี แรม 8 ค่ำ เดือนยี่ ปีมะโรง พ.ศ. 2148 เสด็จโดยกระบวนเรือจากพระตำหนักป่าโมก แล้วเสด็จขึ้นบนที่ตำบลเอกราช ไปตั้งทัพชัย ณ ตำบลพระหล่อ แล้วยกกองทัพบกไปทางเมืองกำแพงเพชรสู่เมืองเชียงใหม่ ครั้นเสด็จถึงเมืองเชียงใหม่ ก็หยุดพักจัดกระบวนทัพอยู่หนึ่งเดือน แล้วให้กองทัพสมเด็จพระเอกาทศรถยกไปทางเมืองฝาง ส่วนกองทัพหลวงยกไปทางเมืองหาง ครั้นเสด็จถึงเมืองหางแล้วก็ให้ตั้งค่ายหลวงประทับอยู่ที่ทุ่งแก้ว สมเด็จพระนเรศวรประชวนเป็นระลอก ขึ้นที่พระพักตร์ แล้วกลายเป็นบาดทะพิษ พระอาการหนัก จึงโปรดให้ข้าหลวง รีบไปเชิญเสด็จสมเด็จพระเอกาทศรถมาเฝ้า สมเด็จพระเอกาทศรถเสด็จมาถึงได้ 3 วัน สมเด็จพระนเรศวรก็เสด็จสวรรคต เมื่อ วันจันทร์ ขึ้น 8 ค่ำ เดือน 6 ปีมะเส็ง พระชันษา50 ปี เสวยราชสมบัติได้ 15 ปี

สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ได้ทรงทำสงครามกับพม่าตั้งแต่พระชันษาได้ 20 ปี การสงครามช่วงแรกเป็นการกู้อิสรภาพของไทย ให้พ้นจากอำนาจของพม่า พระองค์ใช้เวลา 9 ปีในช่วงนี้ ต่อมา เป็นการรวบรวมอาณาเขตของไทยที่ได้เสียไป คือ เมืองทวาย เมืองตะนาวศรี กลับมาจากพม่าและนำกรุงกัมพูชา กลับมาเป็นของไทยทั้งหมด ช่วงนี้ใช้เวลา 4 ปี และท้ายสุด เป็นการแผ่พระราชอาณาเขต ให้กว้างขวางออกไป ดังที่ได้กล่าวมาแล้วแต่ตอนต้น รวมเวลาที่ทรงทำสงครามมา 16 ปี ด้วยพระปรีชาสามารถ และพระปรีชากล้าหาญ อันพึงเห็นได้จากการทำสงครามทุกครั้งของพระองค์ จนประเทศไทยมีอาณาเขตแผ่ไพศาล รุ่งเรืองเดชานุภาพ คนทั้งหลายทั้งชาวไทยและต่างชาติ ต่างพากันยกย่องพระเกียรติยศของพระองค์ว่า วิเศษทั้งที่เป็นนักรบ และที่เป็นพระเจ้าแผ่นดิน นับเป็นมหาราชพระองค์หนึ่ง ที่เคยปรากฎในโลกนี้ หนังสือพงศาวดารของชาติอื่น เช่น พม่า มอญ เขมร ลานช้าง และจดหมายเหตุของจีน และชาวตะวันตก บรรดาที่กล่าวถึงพงศาวดารของประเทศตะวันออกในสมัยนั้น ต่างก็ยกย่องสมเด็จพระนเรศวรมหาราชว่าเป็นวีรมหาราช สอดคล้องต้องกัน พระเกียรติยศเป็นที่ปรากฎอยู่ตราบเท่าทุกวันนี้ และจะคงอยู่ตลอดไปชั่วกาลนาน